A preservação dos recursos hídricos depende intrinsecamente da proteção da floresta. O desequilíbrio dessa relação é fatal para as águas e isto ocorre em grandes extensões da Mata Atlântica. A preocupação com essas consequências motivou o Comitê do Itajaí a tomar partido na discussão sobre a criação do Parque Nacional da Serra do Itajaí, logo após o Ministério do Meio Ambiente, o IBAMA e o Comitê Estadual da Reserva da Biosfera da Mata Atlântica terem iniciado os estudos para a criação da unidade de conservação, em 2001. O parque abrange os municípios de Apiúna, Ascurra, Blumenau, Botuverá, Gaspar, Guabiruba, Indaial, Presidente Nereu e Vidal Ramos.

Em 25 de setembro de 2002, em sua 6ª Assembléia Geral Extraordinária, realizada em Timbó, o Comitê do Itajaí se posicionou a favor da realização de audiências públicas com a participação do IBAMA e do Comitê da Biosfera nos oito municípios com território incluído na área demarcada do parque. Através da Deliberação nº 15, o Comitê do Itajaí se propôs a co-promover as audiências e após sua conclusão se posicionar acerca da implantação do projeto. O IBAMA optou por fazer audiências em três cidades representativas da região.

Para tentar esclarecer dúvidas acerca do projeto, foi realizada uma reunião  no Senai, em Blumenau, em 18 de dezembro de 2002, cuja condução foi apoiada pelo presidente do Comitê do Itajaí, Hans Prayon. Estiveram presentes representantes do IBAMA, do Comitê da Biosfera, do Comitê do Itajaí, ecologistas, vereadores e prefeitos dos municípios envolvidos, e moradores de áreas do parque,

Por decreto presidencial, o Parque Nacional da Serra do Itajaí foi criado em 4 de junho de 2004, com uma área de 57.374 hectares e altitudes que variam de 80 a 1039 metros. Toda a região tem uma riquíssima biodiversidade. E o objetivo básico de um Parque Nacional, como estabelece o Artigo 11 da Lei nº 9.985, de 18 de julho de 2000, é a preservação de ecossistemas naturais de grande relevância ecológica e beleza cênica, possibilitando a realização de pesquisas científicas e o desenvolvimento de atividades de educação e interpretação ambiental, de recreação em contato com a natureza e de turismo ecológico.

O Parque Nacional é de posse e domínio públicos, sendo que as áreas particulares incluídas em seus limites serão desapropriadas, de acordo com o que dispõe a lei.

A visitação pública está sujeita às normas e restrições estabelecidas no Plano de Manejo da unidade, concluído em 2008 e aprovado em março de 2009, às normas estabelecidas pelo órgão responsável por sua administração, e àquelas previstas em regulamento.

A pesquisa científica depende de autorização prévia do órgão responsável pela administração da unidade e está sujeita às condições e restrições por este estabelecidas, bem como àquelas previstas em regulamento.

O Parque é gerido pelo ICMBio, apoiado pelo Conselho Consultivo instalado em 2005 e que tem se reunido regularmente.

Houve ações contra a criação do parque, e todas foram consideradas improcedentes. O mais recente despacho judicial favorável ao parque se deu no dia 15 de outubro de 2010.