A colonização da região Vale do Itajaí está marcada desde o seu início, em 1850, por uma estreita relação com o Itajaí-açu, quer no transporte de cargas e passageiros, quer no desbravamento de novas áreas para a agricultura ou na construção de um novo espaço para viver e trabalhar. Todavia, nem sempre esta interação trouxe os frutos esperados, pois em algumas ocasiões o rio aumentou seu volume, trazendo prejuízos materiais à população da região.

Ao longo destes quase 160 anos, foram registradas 68 enchentes, algumas causando perda total de lavouras e animais, de casas e propriedades industriais, provocando, aos poucos, uma reflexão sobre a relação entre o homem e a natureza. Da inicial imobilidade face às ações de forças naturais – e a enchente fluvial era uma delas –, passou-se a discutir alternativas de solução a este desafio: o de conviver harmoniosa e pacificamente com o rio Itajaí-açu.

Em um primeiro momento, houve o entendimento de que obras de engenharia (barragens em diversos afluentes do rio) seriam a solução para o problema, uma vez que a água ficaria retida em reservatórios, evitando o alagamento dos locais com cotas mais baixas ou das suas margens. Foram construídas então três barragens (em 1973, 1975 e 1992) pelo Departamento Nacional de Obras de Saneamento (DNOS). Contudo, esta ação não se mostrou suficiente para evitar os efeitos das grandes enchentes de 1983 e 1984.

Com a extinção do DNOS, em 1990, houve um gradativo abandono do sistema de contenção de cheias por parte do poder público. Entidades regionais mobilizaram-se em torno do problema a partir de 1995. E assim, em março de 1996, por iniciativa da Associação Comercial e Industrial de Blumenau (ACIB), ocorreu uma articulação regional que resultou na decisão de criar um comitê de bacia hidrográfica com base na Política Estadual de Recursos Hídricos (Lei 9.748 de 30.11.94). Para tratar do processo de instituição e instalação desse organismo, foi formado um grupo de trabalho pró-comitê, com representantes das seguintes organizações: Associação dos Municípios do Alto Vale do Itajaí (AMAVI), Associação dos Municípios do Médio Vale do Itajaí (AMMVI), Associação dos Municípios da Foz do Rio Itajaí (AMFRI), ACIB, Associação Comercial e Industrial de Rio do Sul (ACIRS), Universidade para o Desenvolvimento do Alto Vale do Itajaí (UNIDAVI), Universidade do Vale do Itajaí (UNIVALI) e Universidade Regional de Blumenau (FURB).

O pedido de criação do Comitê do Itajaí foi encaminhado ao Conselho Estadual de Recursos Hídricos (CERH) em agosto de 1996, sendo por este aprovado em junho de 1997. O Comitê do Itajaí foi efetivamente criado pelo Decreto Estadual nº 2109, publicado em 05.08.97.

Com base na Política Estadual de Recursos Hídricos e na Política Nacional de Recursos Hídricos (Lei 9.433 de 08.01.97) foi formulado o Regimento do Comitê e, a partir da composição do Comitê nele estabelecido, o Comitê foi oficialmente instalado em março de 1998. Desde então, o regimento sofreu diversas alterações, tanto em relação à composição como na forma de renovação do Comitê, procurando sempre tornar o organismo mais democrático e representativo da sociedade que vive na bacia hidrográfica.

Aos poucos foi ficando claro que os problemas relativos à água no Vale do Itajaí são bem mais amplos do que a falta de manutenção do sistema de contenção de cheias, e que o Comitê teria a função de gerenciar tais problemas.

Os principais problemas relacionados com a água são abordados no Plano da Bacia., que é o principal instrumento de trabalho de um comitê de bacia hidrográfica. Graças a expressivo apoio financeiro da Petrobras, por meio do Projeto Piava, o Comitê do Itajaí elaborou seu plano ao longo de vários anos, vindo a aprová-lo em 2010.

Sobre a evolução do Comitê do Itajaí como organismo representativo regional em questões que interferem nos corpos d´água, leia  Assembleias, Deliberações e Ações.