A preocupação com o esgotamento sanitário é recente. A mobilização em torno de ações de gerenciamento só começou em 2003, quando o Comitê do Itajaí em sua última assembléia do ano decidiu que a Semana da Água de 2004 teria como tema Esgotos Sanitários e Efluentes. O objetivo era facilitar a compreensão pela sociedade de que a baixa qualidade de água é problema ambiental e de saúde pública. A questão começou a ser tratada na oficina Planejamento: Esgotamento Sanitário na Bacia do Rio Itajaí proposta pelo Comitê, e que ocorreu em julho de 2004, com o apoio da AMFRI – Associação dos Municípios da Foz do Rio Itajaí. A oficina visou estabelecer uma agenda de trabalho para desencadear ações de gerenciamento dos esgotos nos municípios. A partir de uma análise das dificuldades a serem superadas, foi traçado um plano de ações. A campanha desenvolvida para dar suporte a este plano esbarrou na pouca vontade dos prefeitos em tratar desta matéria polêmica em ano eleitoral.

O tema voltou na Semana da Água em 2005, com a abordagem do Esgoto Doméstico, apoiada pelo slogan “Do rio que você suja vem a água que você bebe. Pense nisso!”. A repetição do tema se deu a partir da constatação da baixa qualidade da água em muitos rios da bacia. Para enriquecer as discussões foi produzido material de apoio pedagógico e promovida uma campanha nos meios de comunicação. Também foram realizados seminários especiais para educadores e para a comunidade. Para as comunidades desenvolveram-se ações envolvendo líderes comunitários, professores e as secretarias de desenvolvimento regional. Houve ainda a participação de vereadores, que solicitaram audiências para a consulta pública.

Em 2007 o esgoto sanitário ocupou novamente o centro das discussões, desta vez no Seminário para a Construção de Soluções do Esgoto Sanitário na Bacia Hidrográfica do Itajaí, realizado em Blumenau. As discussões já tiveram como suporte a Lei nº 11.445, de 5 de janeiro desse ano, que estabeleceu as diretrizes nacionais para o saneamento básico e para a política federal de saneamento básico. O seminário foi promovido após o diagnóstico participativo, realizado em 2006, ter apontado que o esgoto doméstico era o principal causador da baixa qualidade da água. O objetivo foi desencadear uma discussão pública envolvendo a Federação Catarinense de Municípios (FECAM), o Ministério Público Estadual (MPE), prefeituras, Comitê do Itajaí, instituições responsáveis pelo saneamento básico em Santa Catarina e sociedade civil na busca de soluções para o esgoto sanitário na região. As soluções levantadas pelos participantes apontaram a necessidade de desenvolvimento institucional em âmbito municipal e estadual, para que soluções concretas fossem viabilizadas. Os resultados do seminário contribuíram na formulação de diretrizes do Plano de Recursos Hídricos da Bacia do Itajaí.

A definição das metas de qualidade da água (proposta de re-enquadramento dos cursos d’água em classes de qualidade) em 2009, no âmbito do planejamento de recursos hídricos, representou mais um passo rumo ao tratamento dos esgotos sanitários.  O Plano de Bacia estabeleceu como metas, entre outras, a estrutura de gestão de saneamento básico criado e em funcionamento nos 50 municípios em 5 anos, e o tratamento do esgoto implantado em todos os municípios num prazo de 20 anos. Para isto criou o Programa de Tratamento de Esgoto, cujo objetivo é reduzir a carga de esgoto sanitário sem tratamento, de forma a atender o enquadramento dos corpos d’água por meio de investimento gradual de 1 milhão de reais na promoção do tratamento do esgoto urbano e rural dos municípios da bacia, iniciando pelos localizados próximo às nascentes.