O Conselho de Administração é o órgão da administração superior da fundação. É  composto por 13 pessoas físicas, sendo uma o Presidente do Comitê do Itajaí, cinco indicadas pela Diretoria do Comitê do Itajaí, seis representantes das entidades fundadoras da Fundação e um representante do Governo Estado de Santa Catarina, indicado pelo Governador.