Com a responsabilidade de orientar o uso e a proteção da água na bacia do Itajaí, o Comitê do Itajaí sempre reconheceu a importância vital da FATMA como instituição integrante do sistema estadual de gerenciamento de recursos hídricos. Mas a deficiência estrutural deste órgão no vale do Itajaí estava gerando insatisfação e prejuízos a todos os setores da sociedade regional. Por isso, em sua 13ª AGO, realizada em Itajaí em 18 de novembro de 2004, o Comitê dedicou-se exclusivamente a discutir os problemas relacionados a essa deficiência, principalmente porque a FATMA é o braço executivo do governo do Estado para o licenciamento, fiscalização e monitoramento ambiental. Incluindo os membros do Comitê, participaram dessa assembléia 63 pessoas, representantes do setor empresarial, governo do estado, municípios e sociedade civil organizada, que falaram em nome da SDS, SRD Ibirama, FATMA, CERVI/FATMA, Associação dos Municípios, Assembléia Legislativa, de associações comerciais e industriais e do Ministério Público.

A discussão sobre a FATMA foi também motivada pela indiferença do governo do Estado à Moção 01 (25 de setembro de 2003), aprovada na 8º AGE do Comitê, que reclamava da ausência ou insuficiência de fiscalização exercida pelos órgãos ambientais complementares no nível dos três entes federados na região de Ibirama, e uma solicitação de audiência com o governador. Essa moção de repúdio teve a aprovação do Comitê depois de ser levado ao seu conhecimento o progressivo desmatamento de áreas públicas e privadas na região de Ibirama, o crescente plantio de espécies exóticas em áreas de proteção ambiental e os problemas ambientais decorrentes dessas ações.

O resultado da discussão sobre a FATMA na 13ª AGO foi a Carta de Itajaí, expedida através da Moção 04, de 13 de dezembro de 2004, em que foram apontados os principais problemas decorrentes da deficiente estrutura do órgão. Um deles dizia respeito ao número de funcionários alocados em todo o Estado, num total de 135, enquanto o Rio Grande do Sul contava com cerca de 800 e o Paraná 1000. A carta também destacou a morosidade na concessão de licenças ambientais, que estava causando prejuízos econômicos ao setor produtivo e também ao meio ambiente, por induzir a ocorrência da informalidade ambiental. Outro ponto foi a falta de fiscalização ambiental que gerava a concorrência desleal em detrimento das empresas que cumpriam a legislação.

Em relação à água foi apontada a falta de monitoramento da sua qualidade, que mantinha a ignorância coletiva, induzindo à concessão de licenciamentos em descaso com a realidade ambiental dos ecossistemas e com a própria legislação, degradando progressivamente os ecossistemas fluviais.

A principal conclusão da Carta de Itajaí foi a de que o êxito da política do governo para o meio ambiente só seria possível com o reaparelhamento e fortalecimento da FATMA e suas coordenadorias regionais. A carta foi enviada a todas as organizações membros do Comitê, às entidades que participaram da assembléia, ao Ministério Público e ao governo do Estado.