A primeira tentativa de criar uma organização com finalidades de Agência de Água foi a de Otto Rohkohl, que em 1929 propôs a criação de “uma sociedade anônima 'S.A. Contra Enchente' com um capital de cerca de 100 contos”. A idéia de Otto Rohkohl se baseava na convicção de que, em relação ao problema das cheias, seria inútil esperar por uma solução por parte dos governos estadual ou federal. Segundo ele, tal como em tantos outros casos era necessário começarmos pela autoajuda.

Em agosto de 1997, a idéia foi retomada, durante o Workshop sobre os Sistemas de Alerta e Contenção de Cheias do Vale do Itajaí, que foi uma ação desenvolvida ainda na fase embrionária do Comitê do Itajaí.

A primeira diretoria do Comitê do Itajaí, que assumiu em 1998, sabia que, para cumprir as reais funções da gestão de recursos hídricos – ações de prevenção de cheias, manejo dos cursos da água, proteção de mananciais, controle da qualidade da água e outros – seria necessário criar um órgão executivo tecnicamente capacitado para tais demandas. Por isso, em 1999, um grupo de trabalho foi formado para estabelecer as bases jurídicas para a criação de uma agência de água. Em outubro de 2001, este trabalho levou à instituição da primeira Agência de Água de direito privado do País, nos moldes preconizados pela Lei nº 9.433/97 e com aprovação do Conselho Estadual de Recursos Hídricos de Santa Catarina.

Foram fundadores da Agência de Água do Vale do Itajaí:

1) Associação Comercial e Industrial de Blumenau (ACIB)

2) Associação Comercial e Industrial de Brusque (ACIBr)

3) Associação dos Engenheiros e Arquitetos do Alto Vale do Itajaí (AEAVI)

4) Associação dos Fumicultores do Brasil (AFUBRA)

5) Associação dos Municípios do Alto Vale do Itajaí (AMAVI)

6) Associação dos Municípios da Região da Foz do Rio Itajaí (AMFRI)

7) Associação dos Municípios do Médio Vale do Itajaí (AMMVI)

8) Cooperativa de Energia Elétrica Santa Maria Ltda

9) Fundação Educacional de Brusque (FEBE)

10) Universidade Regional de Blumenau (FURB)

11) Município de Agrolândia

12) Município de Atalanta

13) Município de Imbuia

14) Município de Itajaí

15) Município de Pouso Redondo

16) Município de Presidente Getúlio

17) Sindicato das Indústrias de Serrarias, Carpintarias, Tanoarias, Marcenarias, Madeiras, Madeiras Compensadas, Laminadas, Aglomeradas e Chapas de Fibras de Madeira de Ibirama

18) Fundação Universidade para o Desenvolvimento do Alto Vale do Itajaí (UNIDAVI)

19) Universidade do Vale do Itajaí (UNIVALI)

A Agência entrou em operação em 2005, para executar e administrar o Projeto Piava, patrocinado pela Petrobras.