A Agência de Água do Vale do Itajaí é uma fundação privada, comunitária e sem fins lucrativos. Tem finalidade pública e é promotora da gestão dos recursos hídricos no âmbito da bacia do Itajaí. Ela foi instituída em 2001 por 19 organizações integrantes do Comitê do Itajaí.

Competem à Agência de Água do Vale do Itajaí muitas atividades de caráter técnico e administrativo. Sobressaem, entre essas atividades, aquelas que dizem respeito à operacionalização do Comitê do Itajaí, exercendo sua secretaria executiva, e à aplicação dos recursos financeiros disponíveis.

A atribuição da Agência é apoiar o gerenciamento dos recursos hídricos na bacia hidrográfica do Itajaí, desenvolvendo os estudos e serviços técnicos necessários à implementação dos instrumentos de gerenciamento da água, como o plano de recursos hídricos da bacia, o sistema de informações de recursos hídricos , o enquadramento dos cursos da água em classes de qualidade, a outorga de direito de uso da água e a cobrança pelo uso da água, bem como  programas e projetos inerentes aos objetivos do Comitê do Itajaí e da própria Agência.