A Agencia de Água do Vale do Itajaí exerce a função de secretaria executiva do Comitê do Itajaí. É uma fundação privada, comunitária e sem fins lucrativos. Tem finalidade pública e é promotora da gestão dos recursos hídricos no âmbito da região hidrográfica do Itajaí. Ela foi instituída em 2001 por 19 organizações integrantes do Comitê do Itajaí.
Para a consecução de suas atividades, competem à Agência de Água do Vale do Itajaí muitas atividades de caráter técnico e administrativo. Sobressaem, entre estas atividades, àquelas que dizem respeito à cobrança pelo uso da água e à aplicação dos recursos financeiros disponíveis.
A Agência de Água do Vale do Itajaí tem como atribuição apoiar o gerenciamento dos recursos hídricos na Região Hidrográfica do Itajaí, desenvolvendo os estudos e serviços técnicos necessários à implementação dos instrumentos de gerenciamento da água, como o sistema de informações de recursos hídricos, incluindo o cadastro de usuários da água; o enquadramento dos cursos da água, e o plano de recursos hídricos da bacia.